1、普通船与集装箱船通用的进口通关手续
(1)货物进入保税区(Transportation into bonded area)
卸货后，原则上须首先运往港口保税区或海关长指定的其它地点。办理完通关手续、缴纳进口关税、获得进口许可后，方可提取。货物运入各类保税区时，须向海关提交运入审批申请书。但若获准在货船舱内验货或驳船上验货时，进口申报不必在保税区内办理。
集装箱货物的大宗货物(整箱货)必须全部存放于集装箱货场(Container Yard)，小宗货物(拼箱货)全部存放于集装箱集散站(Container Freight Station)。普通货轮货物的存放地点可由进口商自行决定。一般多临时放置在保税货棚(Bonded Shed)，须长期存放时则可利用保税仓库。
如果进口货物不适合或不能进入保税区，海关也允许存放在其它指定地点，但适用关于保税区的各项规定。
(2)进口申报
货物运入保税区或其它指定地点后，进口商向海关关长提交下列文件，进行关税缴纳申报。
a、《进口纳税申报单》3份
b、附件：商业发票2份(无外汇进口交1份)；包装明细书、重量证明书；运费明细书、保险费明细书(进口价格非CIF时)；原产地证明书、商检证明等；关税缴纳书4张1套、消费税缴纳书1套；进口审批证(须审批的商品)或事前确认书(须事前确认的商品)；其它有关法令规定的许可证、审批书等；有关的免税文件。
若在进口申报时进口商没有得到装船单据和出口商签名的商业发票，进口商须制作预开发票(Pro-forma Invoice)并签名，得到银行认可后提交给海关，凭此获得进口许可并提货。进口商获得出口商发来的商业发票之后，经海关要求须补交。
(3)进口检查
检查方法按范围有抽样检查、部分指定检查、全部检查3种，按地点分为现场检查、驳船上检查、货船上检查、检查场检查。进口动植物及其制品、食品等，须经过检疫和防疫部门的检查。
(4)进口许可
a、海关对进口申报单进行审核，必要时检查货物。审核申报无误后，海关将4份关税缴纳书中的3份退回进口商，进口商到日本银行或其代理机构(设在海关内)缴纳进口税。完税后，进口商凭收据到海关领取进口许可书和进口审批证。
b、进口商获得进口许可书后，将货物从保税区提出运至自己的仓库。此时，进口商将海关退回的进口审批证附上进口配额证明书交给外汇银行，外汇银行将上述文件交日本银行进行事后审查。按规定，进口许可书须由进口商保存3年。
2、集装箱船货物的通关
(1)日本港口集装箱货场管理员(Container Yard Operator)在货轮入港前作为船公司的代理人向动物检疫所或植物防疫所提交《进口动物类货物一览表》或《植物类货物一览表》。货轮入港后，须马上向海关提交货物清单(Cargo Manifest)、卸货申请、集装箱清单(Container List)等。
(2)通关场所
集装箱货物的进口通关地点可以是集装箱货场、码头保税堆货场甚至内陆仓库。
a、集装箱货场通关
进口商在集装箱卸货场办完通关手续，获得进口许可并提走货物。海关将进口商提交的文件和进口商品进行对照检查，确认与申报和纳税相符后，在所收纳税申报单上盖章并退还进口商。进口商凭此到日本银行的代理机构等指定地点缴纳关税，凭税金收据到海关取得进口许可，提走货物。
b、码头保税堆货场通关
集装箱自船上卸至集装箱货场后，运入进口商的专用保税堆货场，然后按通常方式办理进口通关手续，但费用较高、手续较复杂。
c、内陆仓库通关
进口货物卸下后直接运往保税仓库，办理通关手续。这是一种特殊通关方式，一般并不采用。由于货物在日本内地运输途中尚未完成进口申报，属于保税运输，因此采用此方式通关的进口商须事先向海关提交《外国货物运送申报书》。
